通勤に関する費用は、本来的には労働者側が負担をするものですが、通勤手当の支給の規定が就業規則にあり、支給されている場合には支給をしなければならないものです。

そして、その支給の減額や不支給をするには、原則的には、就業規則に規定を設けていないとできません(根拠があれば減額や不支給も可能となります。)。そのため、減額や不支給の規定がないにもかかわらず、勝手に減額をすることはできません。

残業代のみならず、不当に賃金が切り下げられていないかその点も確認してみてもよいかもしれません。